人は感情の動物と云いますが、その感情が第三者まで及んではたまりません。
今回の場合、問題を１つに絞って、まず、隣地の方に下記のような文章を差し出してはどうでしようか。
まだ、裁判まで進んでなさそうですし、隣地の方も法律上熟知していないように思われますので。
「隣地のことにつきましては、従前の方とさまざまトラブルがあったように聞いております。私どもは、お隣さんと云うこともありまして、ことあらためて争うつもりは毛頭ございませんが、下記のことだけ申し上げたいと存じます。最初に、２０年程前の○○との念書ですが、これは全て無効と考えております。もともと、この念書の経緯から云って法律上の拘束を受けないことは明らかです。民法２０９条によって境界付近の工事について隣地の立ち入りは当然と許されております。それを交換条件とした○○は同法９０条によって無効とされています。従いまして、これらは最初からなかったこととされていますので、あしからずご了承下さい。次に、境界付近のフェンスのことですが、これが越境していることはあなたもご存じのとおりです。そこで、今回将来に渉って争いをなくするため当方の費用をもって本来の境界に移転したく存じます。勿論、その工事のときには立ち会っていただき、双方が承諾する位置に設置したく存じます。以上、よろしくご配慮のほどお願い申しあげます。」
以上簡単ですが、要旨としてはそのようでかまわないと思います。相手が読んだとき再度感情を害することなく、そして、こちらの言い分を十分伝え、よい結果となるような文章にして下さい。タイトルは「通知書」が無難で内容証明や配達証明は最初ですから必要ないと思います。なお、文章の中に”自費をもって設置”と云う部分がありますが、法律上、自費ではありません。そのような譲歩の意志だけです。これらの譲歩提案に応じないなら、その時また云って下さい。そのときは裁判所の出番です。仮処分やさまざま強引にすることもできます。