私は、債権譲渡特例法に基づく手続き（債権譲渡登記）の実務経験がないので詳細はわかりませんが、法務局に登記しなければならないことから、登記をしておけは、従たる権利義務は主たる権利義務の譲渡によって対抗力も得ることができると思います。
なお、債権譲渡特例法の趣旨は対抗力を簡単にするための特別法ですから、通常の債権譲渡なら、売掛金を譲渡したからと云って当然とそれを保証している保証金まで譲渡の効力が及ぶとは思えません。保証金、定期預金質権、有価証券等は個別に契約する必要があると思います。
従って、売掛金の譲渡と保証金の譲渡は別個にする必要があると思います。