＞ 借家人より家賃滞納分は回収済みなのですが、平成14年11月までの契約で更新手続きはしておりません。この場合、法定更新になるのでしょうか？
＞ また、平成14年5月より電話で更新拒絶と退去のお願いを連絡しておりますが、契約解除と今年の3月末までの退去を内容証明で通知しても良いものでしょうか？
電話でもいいわけですが、更新拒絶をしており、それを賃借人が承諾しておけば、その時から不法占拠となります。ですから、退去の内容証明はその契約解除の理由とその日などを記載して退去の催告します。
ただし、その更新拒絶の通知をしたときに賃借人が承諾していなかった（更新拒絶の異議）場合には、正当に契約解除がされていないおそれがあります。その場合は、法定更新されたとみなされていますから、改めて、契約解除しなければなりません。（賃料が遅れがちで信頼関係がなくなったなどの理由が必要ですが）
今回の場合には、そのあと（内容証明を出したあと）どのように続けて行くか考えたうえで進めた方がいいと思います。
つまり、裁判してでも強制執行してでも出て行ってもらいたいなら、あとで、敗訴理由とならないように進める必要がありますが、今回の内容証明だけで引っ越すようならその内容証明だけでも結構です。