＞ 土地（甲所有）と建物（甲所有）にA社が一番抵当設定後、増築がなされ（二階部分）、増築部分につき独立した登記がなされ（区分所有として乙所有）、その後、B社が土地と建物（増築部分は除く）に2番抵当が設定された場合の権利関係についてお尋ねします。
＞ @ A社の抵当権実行後の買受人は、乙を追い出せますか？
＞ A Ｂ社の抵当権実行後の買受人は上記同様、乙を追い出せますか？
この問題は、Ａ社であろうとＢ社であろうと（Ｂ社の無剰余取消は除く）引渡命令は発せられないので本訴によってする以外にないです。
乙の居住部分は競売の対象とはなっていないので引渡命令は発せられないことには間違いありませんが、買受人は土地を所有しており、乙の土地利用権はありませんから区分所有部分を収去することができ、同時にその部分から退去を求めることができますから、そのような法律構成ですすめれば目的を達成することができます。
以上ですが、もともと、抵当権は、その設定後に増築した部分も抵当権に及びますから、第一、その乙の区分所有の登記は不可能ではないかと思います。仮に、その登記があったとしてのお答えですが現実には難しい登記ではないでしようか。（可能かも知れませんが。研究の余地もあります。）
そのように登記がないとすれば当然とＡ社であろうとＢ社であろうと競売すれば、乙に対しても引渡命令が発せられ簡単に引っ越しさせることができます。