＞ 銀行の住宅ローンを使って、父親名義の土地に、私が建物を建築するのですが、同一敷地に父親の別棟の古い建物があります（現在、将来も父親が住む）。
＞ この父親の建物は全く登記をしていないので、銀行から登記をするようにいわれました。
＞ 土地と新築建物だけの抵当権設定登記で済ませてほしいのですが、銀行が古い建物まで登記をさせたがる理由を、法律面から教えていただきたいのです。
法律上の登記義務があるわけではありません。ただ、実務上登記をしなければ融資は困難と思われます。
何故なら、ミーさんが父親から土地を借りて建物を建てるわけですが、その場合銀行では土地と建物に抵当権を設定します。万一、返済がない場合には競売して回収しますがその時に建物だけより土地と建物が一括の方が売却価格が高く回収がらくになるからです。
今回の場合には、一筆の土地に未登記（父親）の建物がありその父親の建物を除外して融資したなら（抵当権を設定したなら）万一の場合に父親の建物のために法定地上権が設定されたみなされることなりますので、そうしますと、おのずから争いになり極端に担保価値が下がります。そのようなわけで、父親の未登記建物を登記させ、それらも一括で抵当権を設定しようとしていると思います。
これの解決方法としては、ミーさんが建てようとしている土地を独立したした筆に分筆しその部分の土地と建物に抵当権を設定すればいいと思います。ただし、この場合であっても銀行が承諾しなければなりませんが。