＞ 建物は競売中（国税が差し押さえ）なのですが、建物収去請求は誰に行うのですか？
土地を返してもらうわけですから、土地を貸している者です。その者が建物の所有者のはずです。
建物の所有者を相手として、その建物を取り壊して土地を返してくれ、請求します。現実的には弁護士の仕事となります。競売はどの段階でもかまいません。今でもかまいません。
＞ まだ買い受け者がないのですが、買い受けられた場合は地代は遡及して請求できるのでしょうか？
そうです。
なお、国税の差押は、差押てから競売まで時間がかかります。抵当権が設定されており破産宣告がなされているなら裁判所の競売の方が早いと思います。
それを待っているより収去を考えた方が堅実です。