＞ 土地所有者（複数）の同意を得、建築許可の確認に市（宮崎市）に伺ったのですが、社寺仏閣は良いが教会（キリスト教）はだめだ、ということでした。
＞ また、「教会の建った事例もない。」と言うことですが本当でしょうか？
＞ 全く教会の建つ可能性は無いのでしょうか？
建物を建築する場合、建築基準法によって、建築許可の確認申請する必要があります。許可基準は最初に全国単位で合致しているかどうか、次いで、都道府県単位、市町村単位とそれぞれ決められています。最終的にはその地域によって決まります。
それにしても、社寺仏閣と教会の違いはどこなんでしよう。私にはわかりません。
口頭で許可されないようなら、書面で「棄却」してもらい棄却に対して異議の申立をし、それでもだめなら「行政訴訟」はどうでしよう。
それで敗訴ならしかたがありません。