＞ 抵当権設定後に、結んだ賃貸借契約の場合は・・ほとんどは、引渡命令で 追い出されるのでしょうか？
Ｈ８年に法改正があり、その後の受付（競売の）のものはほとんど引渡命令が発せられています。
これの異議もできますが、実務ではほとんど認められていません。
即、強制執行ができます。
＞ その際、保証金はどうなるのでしょうか？
引渡命令が発せられると云うことは、全ての意味で占有者は買受人に対抗できないと云うことですから、敷金や保証金を買受人に請求することはできません。この場合は、支払った（預けた）元の賃貸人に請求しますが資力がないでしようから回収は不可能が現実です。
賃借する場合、抵当権が設定してある場合は気をつけたほうがよいでしよう。