代理人は不動産業者の方でかまいませんが、一連の取引を見てみますと、実体に合致しない取引のようです。しかし、あとで問題にならなければそのまま続けてかまわないと思います。
まず最初に亡父名義の建物の滅失登記するために相続人の登記をしないまま滅失するようです。このことは法務局でそのまま受理され滅失登記が完了すればそれでいいわけですが、その後の借地権の譲渡と深く関係してきます。と云いますのは、相続人が確定していないのに「借地権の売主が次男一人」とするのですから矛盾しています。更に、このことは代金の分割にも影響してきます。本来なら父からの相続人が誰と誰でその持分が幾らであるか等決まっていますので代金の分配もそれに従ってするべきです。そのように法律では単なる「頭割り」ではありませんが相続人全員が承諾しておればそれでいいです。受領書の発行も本来なら母が次男宛に発行すべきものではありません。売主に発行すべきで、その額も相続持分の割合の金額となります。他の兄弟も同様に相続持分の割合が受領できる金額です。後日、その代金の分配で争いのないようしておいて下さい。あくまでも、受領できる者と金額は相続人と相続持分です。それらが間違いないかどうか再度司法書士などと相談してすすめた方がいいかも知れません。