＞引渡し命令は、管財人である弁護士にすべきなんでしょうか？
裁判所が「財団放棄はされているが、・・・破産管財人として進めること」と云っているなら管財人を相手方とすべきと思います。管財人の方が「立退料を出せ」など云わないので楽です。
また、「占有屋等は、現地調査しましたが、はいっていません。」と云うことは、その件外物件の占有を云っていると思いますが、件外物件の収去は土地との関係がわかりませんが、仮に、土地の不法占拠とした場合は、その件外物件が「動産」と認定しているか「不動産」と認定しているかによって手続きが違ってきます。動産なら土地に対する引渡命令で収去できますが、不動産と認定しているなら本訴による以外にありません。