＞ @転貸ししている20坪の土地は、誰と誰が契約するものでしょうか？誰の所有物になるのでしょうか？
その土地は「払い下げ」と云うことですから、亡父が払い下げたか、地主が払い下げたか調べて下さい。その点、不動産会社とやりとりがあるようですが、そうではなく、司法書士に依頼し、どの部分が本来借地部分か、また、払い下げの部分はどの部分か、そして、それは現在誰の所有か、明らかにして下さい。そうしますと、当然と、誰と誰が契約しなければならないかわかります。
＞ A20坪が地主とAさんとが契約しないといけないとなった場合、承諾料を今の時価で(Aさんが)払う必要があるのでしょうか？
亡父がＡさんに転貸ししていることを２０年以上地主が認めていますから、今更、承諾料を地主が請求することは無理と思います。（不動産会社がＡさんに承諾料を請求することは論外です。できません。）この点、不動産会社は地主の代理ですから不動産会社は地主の代理としてＡさんに請求できそうですが、先に、云ったように、２０年以上経過しているので難しいと思います。
＞ B登記簿の謄本、測量図を送付いただくことは(地主がOKした場合)問題があるのでしょうか？
先に、お話したように司法書士に調べてもらって下さい。
＞ C不動産会社はどこまで代理人としての権限を持つのでしょうか？
代理人の権限は地主が委任した内容によります。代理人のした行為はすべて地主がした行為と同様になります。その点、代理人の責任は重大です。