＞ 実態と合っていない、、、というところが良くわからないので、教えていただけませんか。
真正なる登記名義の回復登記は、一旦、登記したが、それが間違っていた、と云うことです。ですから、最初から兄弟２分の１づつとしてはどうですかと云うわけだったのです。
＞ 兄弟共にお金がない（で、兄だけが銀行からお金を借りる）
＞ 実際に住宅購入の為のお金は、今後２人で均等に支払いを済ませる。
＞ つまり、家を購入する為のお金は２人で支払っていくので、共有登記とするのが、実態と合っていると認識していたのですが、おかしかったでしょうか。
そのとおりなので最初から兄弟２分の１づつにしてはどうですか。
できないことはないと思います。司法書士と相談してみて下さい。