この問題を正確に回答するには情報不足です。
まず、なんさんは、地番だけにこだわっているのか。それとも当該土地の場所が違うからと云うのか、それとも面積が売買面積と違うからかなどがよくわかりません。
いずれにしても、不動産屋が何故「すみません。でも全額払ってあなたの土地になれば貴方のほうで法務局に行って変えれるので問題ないですよ」と云ったのか。この点、情報不足の冒頭ならなんさんの責任で解決すべきと思います。何故なら根本的な契約解除になりませんから。情報不足の第２、３なら契約解除の理由になりますから、手付け金没収とはなりません。
なお、「このような取引、不動産業界では当たり前？
」といいますがそれはありません。さまざまな争いはないわけではありませんが「当たり前」ではありません。
また「地番に関しては法務局が決めることなので当方に権限はありません」は間違いです。通常分筆などで地番が必要な場合は土地家屋調査士が書き込みそれを法務局が認める方法をとっています。その点、「法務局が決める」とは通常ではそうではありません。