＞ １．土地Ｗの地上権をＡ氏からＣ氏に譲渡又は売却し、Ｃ氏の地上権を設定登記する。地上権の設定登記に抵当権者のはんこは要りませんか？
地上権の設定や移転登記は抵当権者やその他の者の承諾は必要ありません。それが物権たる所以です。
それはそうと「土地Ｗの地上権をＡ氏から・・・」とは現在地上権が設定されておりその地上権者はＡであることを指しますが、そうではないのでしよう。
＞ ２．Ｃ氏は土地Ｗの抵当権についててき除する。
この地上権に基づく滌除はできません。
＞ この場合、てき除出来るのは、土地Ｗの所有権に対する抵当権か、土地Ｗの地上権に対する抵当権か、両方の抵当権に対してか？
先にもお話しましたが、地上権に抵当権設定できますが実務ではマレなのでそうではないのでしよう。
現在の所有者がＡでＡが担保提供していてＢ銀行の抵当権が設定してあるわけでしよう。その所有権をＡからＣに移転し、ＣがＢ銀行の抵当権を滌除することはできます。
＞ 抵当権設定当時は、地上権の設定は無かった訳ですが、抵当権のうち、地上権部分だけをてき除or増加競売なんて出来るのですか？
「地上権部分だけを・・・」質問の意味がわかりません。
＞ ３．てき除金額を抵当権者のＢ銀行が不服に思い、増加競売となった場合、競売されるのは、土地Ｗの地上権のみか、所有権のみか、地上権+所有権か？
ＡからＣに所有権が移転し、ＣがＢの抵当権を滌除する場合、Ｂが増加競売した場合はＣから買受人に所有権は移転します。仮に、ＡからＣに移転する前後を問わずＤが地上権を取得してもＢの抵当権実行でＤの地上権は抹消されます。
「建物Ｙから追い出される(土地Ｗの明け渡し)ことになってしまうようですので・・・」
この点を防ぐには、ＡがＣに所有権を移転し（Ｂの承諾はいらないから）ＣがＢを相手に滌除をする以外になく、その場合、滌除金額が不服として増加競売となった場合はＣが買い受ける以外にありません。